Durante el proceso de conteo de votos en el estado de Jalisco, se informó sobre la presencia de individuos armados en medio de las manifestaciones en las sedes distritales, según reportes de las autoridades electorales. El Instituto Electoral y de Participación Ciudadana (IEPC), a través de un comunicado, denunció agresiones físicas contra su personal mientras llevaban a cabo sus funciones.
Según los informes, los individuos armados se identificaron como afiliados a un partido político, aunque el organismo electoral no especificó cuál. El IEPC declaró que este tipo de intimidación no es acorde con un proceso electoral legal, pacífico y transparente, y solicitó a estas personas retirarse de las sedes para permitir que el conteo de votos continúe sin contratiempos.
Previamente a que las agresiones se convirtieran en motivo de alerta, la consejera presidenta del Instituto, Paula Ramírez Höhne, advirtió sobre una manifestación pública significativa cerca del distrito 1, donde se encontraba la candidata de la coalición Sigamos Haciendo Historia, Claudia Delgadillo. Ramírez Höhne hizo un llamado respetuoso pero enérgico para permitir que el proceso se desarrollara con paz y civilidad.
Desde la mañana del 5 de junio, Claudia Delgadillo y el líder nacional de Movimiento de Regeneración Nacional (Morena), Mario Delgado, denunciaron que el IEPC no les había proporcionado acceso a las copias de las actas contempladas para el Programa de Resultados Preliminares (PREP), que indicaban como virtual ganador a Pablo Lemus Navarro, de Movimiento Ciudadano.
Mientras las manifestaciones continuaban en las sedes de conteo, el IEPC informó que el material había sido entregado al partido Movimiento de Regeneración Nacional desde el día 4 de junio, en respuesta a una solicitud de su representante Jesús Eduardo Almaguer Ramírez. Sin embargo, según la versión de Mario Delgado, solo se les proporcionaron copias de las actas correspondientes a cuatro de los 20 distritos.
Ante la denuncia de agresiones al personal electoral, varios representantes de Movimiento Ciudadano criticaron a Morena por no aceptar los resultados iniciales que favorecieron a su candidato. «Así como nosotros en Ciudad de México reconocimos el triunfo de otros, Morena tiene la obligación de reconocer allí donde no ganó, como en Jalisco», expresó Salomón Chertorivski, candidato de Movimiento Ciudadano en la capital.
De manera similar, el aspirante a la Presidencia, Jorge Álvarez Máynez, consideró «reprobable» la conducta de Morena en Jalisco. «Es increíble que el partido que más ganó en esta elección actúe de esta forma», añadió.