La Comisión Especial Electoral (CEE) del FMLN anunció que Manuel «El Chino» Flores y Marleni Funes han recibido el 62.2% de los votos válidos con el 60% de las mesas escrutadas, asegurando así la elección como secretario general y secretaria adjunta del partido. Simón Paz y Dina Argueta obtuvieron el 37.7% de los votos válidos en el mismo proceso electoral interno.
A pesar de denuncias por irregularidades, como la inscripción de personas sin requisitos y cambios en categorías de candidatos, la CEE no emitió un pronunciamiento al respecto. Los reclamos también incluyeron la exclusión de la candidatura de Gloria Anaya para el Consejo Nacional del FMLN.
Fuentes del partido indicaron que Manuel «El Chino» Flores lideró en varios departamentos como Chalatenango, Morazán, Usulután, Sonsonate, Ahuachapán, Cuscatlán, Santa Ana, La Unión, San Miguel y La Paz. En contraste, Simón Paz tuvo ventaja en San Salvador Centro Municipio, con 103 votos sobre 73 para Flores, aunque hubo 6 votos nulos.
Manuel «El Chino» Flores, cercano a José Luis Merino, también mostró confianza en la recuperación del FMLN a largo plazo, tras la significativa pérdida de votos en las elecciones presidenciales de febrero de 2024, donde el partido enfrentó una caída del 47.5%.
El FMLN no proporcionó detalles específicos sobre el nivel de participación en las elecciones internas recientes.