El Tribunal Supremo Electoral (TSE) estableció la integración de las 14 Juntas Electorales Departamentales (JED) y las 44 Juntas Electorales Municipales (JEM), organismos encargados de supervisar el trabajo electoral y atender incidentes durante las votaciones.
Según la distribución aprobada, Nuevas Ideas, Arena, el FMLN y el PCN presidirán la mayoría de las juntas departamentales, mientras que el partido Fraternidad Patriota Salvadoreña (FPS) encabezará la de Usulután y Vamos la de Cuscatlán.
En el ámbito municipal, Nuevas Ideas y Arena presidirán nueve juntas cada uno; el FMLN y el PCN tendrán nueve respectivamente. Las ocho restantes estarán distribuidas entre el PDC, FPS, Gana, Fuerza Solidaria y Vamos.
Las JED supervisan el cumplimiento de las funciones de las juntas municipales y receptoras de votos, mientras que las JEM vigilan la organización y el funcionamiento de las Juntas Receptoras de Votos (JRV).