Con una extensión de 236 manzanas, de las cuales 33 han sido utilizadas para la construcción de la infraestructura, el Centro de Confinamiento al Terrorismo cumple con las medidas de seguridad para mantener en encierro y total aislamiento a los más de 40,000 pandilleros terroristas.
Las instalaciones cuentan con siete anillos de seguridad, la presencia de 600 efectivos de la Fuerza Armada de El Salvador (FAES), 200 miembros de la Policía Nacional Civil (PNC) y 50 policías del Grupo de Intervención Penitenciaria, que garantizan la seguridad de las instalaciones y sus alrededores.
El Centro de Confinamiento del Terrorismo cuenta con una infraestructura completamente diseñada para poder controlar a cada uno de los internos que van a ingresar al lugar. Cuenta con sala de audiencia, celdas de aislamiento, un área de notificaciones e intimaciones, para reconocimiento y rueda de reos.
Para ello, cada uno de los pabellones del CECOT, donde estarán confinados los terroristas. Cuenta con: pilas, inodoros, camarotes multinivel, rejas de seguridad, zonas para careo de imputados, salas de audiencia, celdas de castigo, sistema de videovigilancia, área médica.
Desde el interior del Centro de Confinamiento se cuenta con cuatro anillos de seguridad, que garantizan que los reos no tengan la oportunidad de salir del lugar. Ya que la mega infraestructura está diseñada para que los criminales cumplan su condena sin volver a tener contacto con el exterior.
El Centro de Confinamiento del Terrorismo cuenta con: pabellones para confinamiento de reos, casa para perros guardianes; edificio de custodios, que dignifica a los empleados penitenciarios; control de acceso con escáner de cuerpo completo, escáner paquetero y arco metálico.